Управление ЧОУ осуществляется в соответствии с Законом Российской Федерации «Об образовании» и Типовым положением об общеобразовательном учреждении в Российской Федерации на принципах демократии, гуманизма, общедоступности, приоритета общечеловеческих ценностей, жизни и здоровья человека, гражданственности, свободного развития личности, автономности и светского характера образования.

Управление ЧОУ осуществляется на основе сочетания принципов самоуправления коллектива и единоначалия.

В основу положена четырехуровневая структура управления:

• Первый уровень структуры – уровень стратегического управления. Директор ЧОУ определяет совместно с органами самоуправления стратегию развития ЧОУ, представляет его интересы в государственных и общественных инстанциях.  Директор ЧОУ несет персональную юридическую ответственность за организацию жизнедеятельности ЧОУ, создает благоприятные условия для его развития.
• Второй уровень структуры управления – это уровень тактического управления – уровень заместителей директора. 
• Третий уровень организационной структуры управления – это уровень оперативного управления, уровень учителей – структурные подразделения общего собрания работников, объединяют учителей, работающих над единой методической темой.